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Text File  |  1995-03-04  |  2.1 KB  |  46 lines
  1. *******************************************
  2. * Cysteine proteases inhibitors signature *
  3. *******************************************
  4.  
  5. Inhibitors of cysteine  proteases [1,2,3],  which are found in the tissues and
  6. body fluids of animals,  in the larva of the worm Onchocerca volvulus [4],  as
  7. well as in plants, can be grouped into three distinct but related families:
  8.  
  9.  - Type 1 cystatins (or stefins), molecules of  about 100 amino  acid residues
  10.    with neither disulfide bonds nor carbohydrate groups.
  11.  - Type 2 cystatins, molecules of about 115  amino acid residues which contain
  12.    one or two disulfide loops near their C-terminus.
  13.  - Kininogens, which are  multifunctional  plasma glycoproteins.  They are the
  14.    precursor  of  the  active  peptide  bradykinin  and  play  a role in blood
  15.    coagulation by  helping  to  position optimally prekallikrein and factor XI
  16.    next  to factor XII.  They  are  also  inhibitors  of  cysteine  proteases.
  17.    Structurally,  kininogens  are  made  of  three  contiguous type-2 cystatin
  18.    domains, followed  by an  additional  domain  (of  variable  length)  which
  19.    contains  the  sequence of bradykinin.  The  first  of  the  three cystatin
  20.    domains seems to have lost its inhibitory activity.
  21.  
  22. In all  these  inhibitors,  there is a conserved region of five residues which
  23. has been proposed to be  important for  the binding to the cysteine proteases.
  24. Our pattern starts one residue before this conserved region.
  25.  
  26. -Consensus pattern: [GSTEQKRV]-Q-[LIVT]-[VAF]-[SAGQ]-G-x-[LIVMNK]-x(2)-
  27.                     [LIVMFY]-x-[LIVMFYA]-[DENQKRHSIV]
  28. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  29. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: 7.
  30.  
  31. -Note: this pattern is always twice in kininogens.
  32.  
  33. -Expert(s) to contact by email: Turk B.
  34.                                 turk@ijs.ac.mail.yu
  35.  
  36. -Last update: June 1994 / Pattern and text revised.
  37.  
  38. [ 1] Barrett A.J.
  39.      Trends Biochem. Sci. 12:193-196(1987).
  40. [ 2] Rawlings N.D., Barrett A.J.
  41.      J. Mol. Evol. 30:60-71(1990).
  42. [ 3] Turk V., Bode W.
  43.      FEBS Lett. 285:213-219(1991).
  44. [ 4] Lustigman S., Brotman B., Huima T., Prince A.M.
  45.      Mol. Biochem. Parasitol. 45:65-76(1991).
  46.